青春期面临的问题还有可能是性别认同上的障碍。比如有些女孩子虽然是女儿身，但是她们的性格很豪迈，打扮很中性，如果不仔细看，真会觉得他们是男的；那有些男孩子，不但行为上会有柔柔的表现，性格上也会有些放不开，会对身体强壮的男性有好感。
这在心理咨询师看来，是一种性别上的认同障碍。产生性别认同障碍的原因有很多，其中，家庭环境的教育是不可忽视的原因之一。在孩子的成长过程中，父母会因为自己的偏好，把男孩打扮成女孩的模样，把女孩打扮成男孩的模样。那辨别是非能力还比较弱的孩子就会把自己的性别搞混，这是他们青春期行为异常的主要原因。
因为性别认同障碍的产生，就好像开篇说的，男孩会对身体强壮的同性抱有好感，甚至，会产生恋爱的感觉，出现性结合的欲望。
对于这样的现象，青少年咨询师认为，认知调整并不能让这些孩子的观念获得转变，因为他们正是处于走向独立的关键时期。他们愿意任何事情都由自己来做主。相较于认知调整，更值得尝试的是精神分析疗法，通过催眠，来找出孩子性别认同障碍的根源。在对这些原因分析，让孩子在心理咨询或者家长的分析中知道自己原有想法是可以有所改进的。
除了心理咨询方面的治疗之外，还可以尝试药物治疗，对孩子的激素进行调整，有些女孩子会因为雄激素比较高，而长得中性化，有些男孩子会因为雌激素比较强烈而看上去弱不禁风。这些都是可以通过激素药物进行调整，让体内性激素水平达到平衡状态的。
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